集团总部组织结构设计的指导方针除了要遵循组织结构设计的一般原则（目标一致原则、效率原则、层次管理原则、责权对等原则、有效控制原则、边界缓冲与跨越原则、分工协调原则、系统运作原则）外，还包括：①战略导向原则，即战略主导一切，集团的战略分析是总部组织结构设计的依据，结构是追随战略的；②流程质量原则，即在保证集团工作流程质量的前提下，实现相互协作，推动工作流程运行，完成整体的业务工作；③基于母子公司体制原则，即建立母子公司体制是为了充分体现企业集团内部规范的产权关系和现代企业集团的组织构造特征。