对于临床已确诊的流行性脑脊髓膜炎患者，应及时填写传染病报告卡及隔离患者，以防止疾病传播，A选项正确；密切监测病情变化，以便及时发现并处理并发症，C选项正确；惊厥时可用10%水合氯醛灌肠等方法控制惊厥，D选项正确；头痛剧烈者可予镇痛或高渗葡萄糖、用脱水药脱水以减轻脑水肿，缓解头痛，E选项正确。流行性脑脊髓膜炎是急性传染病，患者应就地隔离治疗，避免长途转运导致病情加重，而不是尽快转上级医院治疗，B选项处理不当。