选项A当选，具体计算过程如下：
转让旧房能够取得评估价格时，扣除项目金额=房屋及建筑物的评估价格+取得土地使用权所支付的金额+与转让房地产有关的税金。
其中，取得土地使用权所支付的金额一般适用自建房屋及建筑物，如果是外购的，没有此项扣除。
（1）评估价格=重置成本价×成新度折扣率=9000×70%=6300（万元）。
（2）与转让房地产有关的税金，包括转让房地产时缴纳印花税、城市维护建设税、教育费附加。
缴纳的印花税=10000×0.5‰=5（万元）
缴纳的城市维护建设税和教育费附加=（10000-5000）÷（1+5%）×5%×（7%+3%）=23.81（万元）
综上，允许扣除的项目金额=6300+5+23.81=6328.81（万元）。
选项B不当选，误将契税作为与转让房地产有关的税金扣除。
选项C不当选，误按照购房发票金额×（1+5%×使用年限）+契税+印花税+城市维护建设税+教育费附加，进行项目扣除。
选项D不当选，误按照购房发票金额×（1+5%×使用年限）+印花税+城市维护建设税+教育费附加，进行项目扣除。