投入主要包括企业生产过程中所使用的各种生产要素。生产要素一般被划分为劳动、资本、土地和企业家才能等类型。选项A正确。
产出是企业获得销售收入的基础，是生产者向社会提供有形的物质产出（如食品、机器设备、日常用品等）和无形的服务产出（如医疗、信息服务、金融服务、旅游服务等）。选项B正确。
资本可以表现为货币形态（即货币资本）和实物形态（即资本品或投资品，包括厂房、设备等）。土地包括土地本身及地上和地下的一切自然资源。选项C错误。
一般假设生产要素在生产过程中是可以相互替代的。选项D错误。
当各种投入要素都可变时，一般是研究企业的长期行为；当某种或几种要素不可变时，一般是研究企业的短期行为。选项E错误。