MHCⅡ类分子的功能主要是在免疫应答的始动阶段将经过处理的抗原片段递呈给cd4t细胞.正如cd8t细胞只能识别与mhcⅠ类分子结合的抗原片段一样,cd4t细胞只能识别Ⅱ类分子结合的抗原片段.Ⅱ类分子主要参与外源性抗原的递呈,在一些条件下也可递内源性抗原.在组织或器官移植过程中,Ⅱ类分子是引起移植排斥反应的重要靶抗原,包括引起宿主抗移植物反应（hvgr）和移植物抗宿主反应（gvhr）.在免疫应答中,Ⅱ类抗原主要是协调免疫细胞间的相互作用,调控体液免疫和细胞免疫应答。