黄酮类虽有一些极性，可溶于水，但难溶于酸性溶液，易溶于碱性溶液，故可用碱性溶液提取，然后将溶液调为酸性，即可将黄酮类沉淀析出。在用碱酸法提取纯化时，应避免用强碱，用强碱尤其在加热时易破坏黄酮母核。在加酸酸化时，酸性也不宜过强，以免生成盐使析出的黄酮类化合物重新溶解。当花、果类药材中含有大量果胶、黏液等水溶性杂质时，宜用石灰乳或石灰水提取，使含羧基的杂质在提取的同时生成钙盐沉淀，不被溶解。