甲硝唑是目前治疗贾第鞭毛虫病最有效的药物；人经口阿米巴包囊，在肠腔内脱囊而出，形成小滋养体，在结肠内与肠道菌丛共生。小滋养体在随宿主肠内容物下移过程中，逐渐转变成包囊。小滋养体在一定条件下，侵入肠壁，成为大滋养体，因破坏肠组织而引起阿米巴痢疾。大滋养体可经血流至肝和其他器官，引起阿米巴炎症和脓肿，统称为肠外阿米巴病。甲硝唑对阿米巴虫大滋养体有直接杀灭作用，治疗阿米巴痢疾和肠外阿米巴病效果最好。氯喹主要作用予肠外阿米巴病，对肠内阿米巴病无效；排包囊者是重要的传染源，此时并无症状。对于排包囊者肠腔内的小滋养体和阿米巴痢疾急性症状控制后肠腔内残存的小滋养体，宜选用主要分布在肠腔内的二氯尼特；伊维菌素属于抗丝虫病药。