溃疡性结肠炎最常累及直肠、乙状结肠，呈连续性非阶段性分布，病变从直肠向近段结肠逐渐蔓延，少数累及全结肠。病变早期有黏膜弥漫性炎症，以后肠腺窝底部形成小的隐窝脓肿，脓肿融合溃破，黏膜即出现浅小的溃疡，并逐渐成为不规则的大片溃疡。结肠病变一般仅限于黏膜与黏膜下层，很少深达肌层并发结肠穿孔。瘘管形成或结肠周围脓肿者少见，结肠炎症在反复发作的慢性过程中，大量新生肉芽组织增生，常出现炎性息肉，可表现正常结构丧失，纤维组织增加，有腺体变形，排列减少等萎缩性表现。由于溃疡愈合而瘢痕形成。