绩效薪酬在现实运作中也有不少缺点：①对员工行为和成果难以进行准确的衡量，在绩效考核体系指标设置不合理的情况下，容易使绩效薪酬流于形式，可能导致更大的不公平；②绩效薪酬设计不合理，绩效薪酬会演变为一种固定薪酬，人人有份；③绩效薪酬制度多以个人绩效为基础，这种奖励以个人为中心来获得奖励薪酬的制度不利于团队合作，而与团队绩效挂钩的薪酬制度也只适用于人数较少、强调合作的组织。