生理情况下，胃十二指肠黏膜具有一系列防御和修复机制：①皮前的黏液和碳酸氢盐；②上皮细胞；③上皮后胃黏膜丰富的毛细血管网内的血流，此外前列腺素E具有细胞保护、粗黏膜血流、增加黏液及HCO分泌功能；表皮生长因子具有细胞保护和促进上皮再生的作用。当某些因素损害了这一机制才可能发生胃酸／胃蛋白酶对胃黏膜自身消化、侵蚀而导致溃疡形成。幽门螺杆菌和非甾体抗炎药是损害十二指肠黏膜屏障从而导致消化性溃疡发病的最常见原因。少见的特殊情况，当过度的胃酸分泌远远超过黏膜的防御作用也可能导致消化性溃疡的发生。其他因素如吸烟，遗传，情绪应激，胃十二指肠运动异常也可能与消化性溃疡有不同程度的关系。