蛋白质的一级结构是指蛋白质分子中氨基酸的排列顺序，它是蛋白质最基本的结构，是由基因上的遗传信息决定的，也是决定蛋白质高级结构的基础。蛋白质的高级结构（包括二级、三级和四级结构）是在一级结构的基础上，通过氨基酸残基之间的相互作用形成的，所以蛋白质的一级结构及高级结构决定于氨基酸组成和顺序（C选项正确）。分子中氢键、盐键、内部疏水键等是维持蛋白质高级结构的作用力，不是决定蛋白质结构的根本因素（A、B、D选项错误）。亚基是构成具有四级结构蛋白质的独立多肽链，亚基的形成和相互作用是在蛋白质一级结构基础上的进一步变化，不是决定蛋白质一级结构和高级结构的根本因素（E选项错误）。