尿石一般由三部分组成：

①中心部或核;②沉积的晶体物质;③基质。

尿石的核心通常位于尿石的中心，是尿石生成中最早出现的部分。核心的组成常能反映当时体内的代谢变化。对尿石核心的分析对探讨尿石的成因也有一定价值。有的尿石核心由晶体物质及基质组成，也有的尿石核心是凝血块、细胞碎屑、管型、菌落、异物等。

尿石的基质是各种尿石共有的成分，是由粘蛋白类构成，基质在含钙尿石中占结石总量的2.5%左右，在胱氨酸结石中基质约占9%-11%，而在罕见的基质结石中基质可达结石总重量的60%左右。基质作为结石的网架，晶体沉积于其上。