链球菌可引起多种疾病，扁桃体炎多由A群链球菌引起；中耳炎也常由链球菌感染导致；猩红热是由A群链球菌产生的致热外毒素引起的急性呼吸道传染病；感染性心内膜炎可由草绿色链球菌等引起。而过敏性鼻炎是一种由变应原引起的鼻黏膜慢性炎症反应性疾病，与链球菌感染无关。