抗原抗体结合的基础是结构互补和亲和性：
抗原表位（抗原决定簇）是抗原分子表面能够被抗体识别并结合的特殊化学结构区域。抗体的可变区（V区），特别是其中的互补决定区（CDR），其氨基酸序列和空间结构高度可变，这些区域构成了抗体的超变区。
抗原表位与抗体超变区之间存在结构互补性。这种互补性就如同“锁和钥匙”的关系，抗原表位的形状、电荷分布、化学基团等结构特征与抗体超变区的相应特征相互匹配。例如，抗原表位如果是一个具有特定电荷分布的凹陷结构，抗体超变区就会有与之互补的、带有相反电荷的凸起结构与其紧密结合。