1.部分同工酶具有同源性
许多同工酶是由同一基因经过不同的剪接方式或在不同的启动子调控下产生的，它们在氨基酸序列上存在相似性，具有同源性。
例如，乳酸脱氢酶（LDH）的不同亚基（M 和 H）就是由不同基因编码，但这些基因在进化过程中可能来自同一个祖先基因，具有一定的同源性。
2.少数同工酶无同源性
在某些情况下，不同的酶可能由于趋同进化而具有相似的催化功能，但它们在进化上没有亲缘关系，不存在同源性。
例如，在不同生物中，可能存在不同的酶催化相同的反应，但这些酶的氨基酸序列和三维结构差异很大，没有同源性。