患者有尿频、尿急、尿痛（尿路刺激征），高热（体温40℃），右肾区叩痛，尿液浑浊，尿蛋白阳性，白细胞满视野，红细胞增多，符合急性肾盂肾炎的临床表现和实验室检查特点，C选项正确。急性尿道炎主要表现为尿路刺激征，但一般无肾区叩痛和高热，A选项错误。急性膀胱炎主要症状为尿频、尿急、尿痛，一般无高热和肾区叩痛，B选项错误。肾结石主要表现为肾区疼痛、血尿等，一般无明显的尿路刺激征和高热，D选项错误。急性肾小球肾炎主要表现为血尿、蛋白尿、水肿和高血压等，与该患者的典型尿路刺激征和高热表现不符，E选项错误。