(1)一般纳税人转让其2016年5月1日后取得（不含自建）的不动产，以取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价后的余额，按照5％的预征率向不动产所在地主管税务机关预缴增值税。
该公司应在南京市预缴增值税＝（10000－6660）÷（1＋5％）×5％＝159.05（万元）。
【考点】本题考查的是转让不动产增值税的计算。
(2)选项B，转让旧房作为保障性住房或者公共租赁住房房源且增值额未超过扣除项目金额20％的，才免征土地增值税；选项C，如果是出售外购的不动产，取得评估价格时，外购时支付的契税已经包含在旧房及建筑物的评估价格之中，故计征土地增值税时，不另作为与转让房地产有关的税金予以扣除；选项D，转让旧房及建筑物的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税，装修支出没有作为扣除项目予以扣除的规定。
【考点】本题考查的是土地增值税扣除项目的确认。
存量房评估法下扣除项目：
（1）取得土地使用权所支付的金额：纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用；
（2）房屋及建筑物的评估价格＝重置成本价×成新度折扣率；
（3）评估费。
（4）转让有关的税金：城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加（看题意）、印花税；(3)租入本市的办公楼取得专票相应的进项税额可以全额扣除。
该公司在本市实际缴纳增值税＝10000÷（1＋9％）×9％－20÷（1＋9％）×9％－100－159.05＝564.99（万元）。
【考点】本题考查的是增值税应纳税额的计算。自2018年1月1日起，纳税人租入固定资产、不动产，既用于一般计税方法计税项目，又用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的，其进项税额准予从销项税额中全额抵扣。(4)准予扣除的“与转让房地产有关的税金”＝[10000÷（1＋9％）×9％－660]×（7％＋3％＋2％）＝19.88（万元）。(5)该公司转让青年公寓评估价格＝8000×80％＝6400（万元）；
增值额＝10000/（1＋9％）－6400－19.88＝2754.43（万元）；
增值率＝2754.43÷（6400＋19.88）×100％＝42.9％，适用税率为30％，速算扣除系数为0；
该公司转让青年公寓应缴纳土地增值税＝2754.43×30％＝826.33（万元）。
【考点】本题考查的是土地增值税应纳税额的计算。土地增值税税额计算步骤：
（1）增值额＝收入－扣除项目；
（2）增值率＝增值额÷扣除项目；
（3）根据增值率确定适用税率及速算扣除系数；
（4）应纳税额＝增值额×适用税率－扣除项目×速算扣除系数。(6)2023年1月1日至2027年12月31日期间，增值税小规模纳税人适用3％征收率的应税销售收入，减按1％征收率征收增值税；适用3％预征率的预缴增值税项目，减按1％预征率预缴增值税。
乙公司应缴纳增值税＝40÷（1＋1％）×1％＝0.40（万元）。
丙公司应缴纳增值税＝50÷（1＋1％）×1％＝0.50（万元）。