根据《中华人民共和国海关法》，进口商向海关申报的时限为自运输工具申报进境之日起14天内。超过14天的期限未向海关申报的，由海关按日征收进口货物CIF价格的0.05%的滞报金；超过3个月未向海关申报的，由海关提交变卖。根据题意，该公司应缴纳的滞报金=2000×0.5‰×5=5（万元）。