政府财政支出效益分析与微观经济组织生产经营支出效益分析的区别，主要表现在以下几方面：
（1）计算所费与所得的范围不同。①微观经济组织在分析其生产经营支出的效益时，只计算其自身直接投入的各项费用和自身实际的所得。②政府在分析财政支出的效益时，所得大于所费的范围较微观经济组织宽得多。选项A正确。
（2）衡量效益的标准不同。①微观经济组织在进行效益分析时其标准十分明确，且易于把握，其标准就是单纯的经济效益。②财政支出效益分析不能单纯以经济效益为衡量标准，而必须确定经济效益与社会效益并重的衡量标准。选项BC正确。
（3）择优的标准不同。①微观经济组织择优的标准很简单，自身直接所费最少、所得最多的支出方案即为最优方案。②财政支出中，财政分配所追求的是整个社会的最大效益。选项D错误。选项E正确。