牙周炎活动期的病理变化是指已经出现牙周袋及牙槽骨吸收时的牙周组织的各种病理改变。①牙面上有不同程度的菌斑、牙垢及牙石的堆积。②牙周袋内有大量炎性渗出物，可检测出多种免疫球蛋白及补体。③沟内上皮出现糜烂或溃疡，一部分上皮增殖呈条索或网眼状，大量炎症细胞通过上皮层移出至牙周袋内。④结合上皮向根方增殖，延伸，形成深牙周袋。其周围有大量炎症细胞浸润。⑤沟内上皮及结合上皮下方的胶原纤维水肿、变性、消失，大部分已被炎症细胞取代，牙槽嵴顶骨吸收明显。⑥牙槽骨出现活跃的破骨细胞性骨陷窝，牙槽嵴顶及固有牙槽骨可见多数吸收、破坏。⑦牙周膜的基质及胶原变形、降解，由于骨的吸收、破坏，导致牙周膜间隙增宽。⑧深牙周袋致使根面牙骨质暴露，可见牙石与牙骨质牢固地附着。
牙周炎静止期（修复期）的病理变化：①牙周袋的袋壁组织在炎症修复期，沟内或袋壁上皮及结合上皮周围的炎症明显减少，在牙周袋与牙槽骨之间可见大量新生的纤维结缔组织，或见粗大的胶原纤维增生，其间少量的慢性炎症细胞浸润，还可见新生的毛细血管。②牙槽骨吸收处于静止状态，一般观察不到破骨细胞。常可见原有的骨吸收陷窝区又有类骨质形成。牙槽嵴的吸收亦可见类骨质或新骨形成。③牙根面被吸收的牙骨质也出现新生现象。增生的粗大胶原纤维束附着在根面牙骨质上，被牵拉而增厚或呈棘状增生。被吸收的根面牙骨质也见新生的牙骨质修复。