蛋白质消化产物的吸收都是主动的。小肠上皮细胞存在不同种类的氨基酸转运系统，分别选择性地转运中性、酸性和碱性氨基酸。这些转运系统多数与钠的转运偶联。现已证明，小肠上有二肽和三肽转运系统，而且二肽和三肽的吸收效率比氨基酸还高，这类转运系统也是继发性主动转运。进入细胞内的二肽和三肽在胞内进一步分解为氨基酸，再进入血液循环。