此题考查公路工程计量管理。选项“承包人应对已完成的分项工程向业主申请质量认证”的正确做法是：承包人应对已完成的分项工程向监理工程师申请质量认证。选项“承包人可凭质量认证和计量证书向业主提出付款申请”的正确做法是：承包人凭质量认证和计量证书向监理工程师提出付款申请。选项“应由监理工程师复核申报资料，确定支付款项，并批准向承包人付款”的正确做法是：监理工程师复核申报资料，确定支付款项，向业主提供付款证明文件。