只有注册建造师签章完整的工程施工管理文件方为有效。选项A正确。
建设工程合同包含多个专业工程的，担任施工项目负责人的注册建造师，负责该工程施工管理文件签章。选项B正确。
分包工程施工管理文件应当由分包企业注册建造师签章。选项C正确。
分包企业签署质量合格的文件上，必须由担任总包项目负责人的注册建造师签章。选项D正确。
修改注册建造师签字并加盖执业印章的工程施工管理文件，应当征得所在企业同意后，由注册建造师本人进行修改；注册建造师本人不能进行修改的，应当由企业指定同等资格条件的注册建造师修改，并由其签字并加盖执业印章。选项E错误。