选项A，一项建设工程由多个单位工程组成时，工程文件应按单位工程组卷；故A错误。选项B，所有竣工图应由施工单位逐张加盖竣工图章；故B正确。选项C，机电工程项目竣工档案一般不少于两套；故C正确。纸质版与电子版竣工图中每一份图纸的签署者、日期应一致，故D正确。