系统检测应在系统试运行合格后进行，建设单位应组织项目检测小组。公共机构的项目检测小组应由有资质的检测单位组成。A正确。
系统检测实施，依据工程技术文件和规范规定的检测项目、检测数量及检测方法编制系统检测方案，检测方案经建设单位或项目监理批准后实施。C错误。
系统检测程序：分项工程→子分部工程→分部工程。E正确。
分项工程检测记录、子分部工程检测记录和分部工程检测汇总记录由检测小组填写，检测负责人做出检测结论，监理（建设）单位的监理工程师（项目专业技术负责人）签字确认。D正确，B错误。