生物碱pH梯度萃取法的原理是根据不同物质在不同pH下析出沉淀的原理来提纯所需物质。pH梯度萃取法是分离酸性、碱性、两性成分常用的手段。其原理是由于溶剂系统pH变化改变了它们的存在状态（游离型或解离型），从而改变了它们在溶剂系统中的分配系数。分离碱性强弱不同的游离生物碱，可用pH由高至低的酸性缓冲溶液顺次萃取，使碱性由强到弱的生物碱分别萃取出来。