大黄中含有多种游离的羟基蒽醌类化合物以及它们与糖所形成的苷。已经知道的羟基蒽醌主要有下列五种：大黄酸、大黄素、芦荟大黄素、大黄素甲醚、大黄酚。大黄中蒽醌苷元，其结构不同，因而酸性强弱也不同。根据以上化合物的酸度差异，可用碱性强弱不同的溶液进行梯度萃取分离。大黄酸的分离和提纯：将大黄的乙醚提取液以5%碳酸氢钠溶液振荡提取，水层呈紫红色。分出水层，再重复提取数次，直至不显红色为止（共约60ml，分3~4次提取）。合并水层提取液，用盐酸酸化至pH3左右，即得黄色沉淀。过滤，先用水洗沉淀数次，再以少量冰冷的丙酮洗，以除去有色杂质。干燥后以冰醋酸或吡啶结晶2~3次，得黄色针状结晶。经熔点测定、纸色谱或薄层色谱，与标准品对照鉴定为大黄酸。