种痘样水疱病组织病理可见表皮细胞内及细胞间水肿，显著网状变性，多房或单房性水疱形成，疱液中含纤维蛋白和炎症细胞，可有表皮及其邻近真皮的坏死及基底细胞液化变性。真皮水肿，进一步发展可形成表皮下水疱，血管扩张，血管周围显著淋巴细胞、组织细胞和中性粒细胞浸润。但无血管炎改变。