心内膜垫缺损多分为部分型、过渡型和完全型三种。部分型心内膜垫缺损为房间隔原发孔缺损，主动脉前壁与室间隔仍相连续，多伴有二尖瓣前瓣裂。完全型心内膜垫缺损为心脏中心部位的原发孔房间隔缺损和室间隔缺损并存，伴二尖瓣、三尖瓣发育不全，形成共同房室瓣。又根据腱索附着部位分为A、B、C三种类型。A型：共同房室瓣分成二尖瓣和三尖瓣，房室瓣腱索附着于室间隔顶部，此型多见；B型：共同房室瓣分为二尖瓣和三尖瓣，房室瓣腱索附着于室间隔右心室面一个异常乳头肌上，此型较少见；C型：共同房室瓣无二尖瓣和三尖瓣之分，为一整体，无腱索连在室间隔上。过渡型心内膜垫缺损，解剖畸形介于完全型与部分型之间。与完全型相同的是存在原发孔房间隔缺损和室间隔流入道缺损，但不同的是仅有小的膜部间隔缺损。与部分型相同的是有房室瓣叶裂，能区分左、右两侧房室孔，未形成共同房室瓣，但不同的是二尖瓣前叶裂深达瓣环。