选项A正确，消防控制室操作人员未按《消防控制室通用技术要求》（GB 25506-2010）的规定持证上岗。属于重大火灾隐患综合判定要素条件的第（8）点消防安全管理。选项B正确，在厂房、库房、商场中设置员工宿舍，或者在住宅等民用建筑中从事生产、储存、经营等活动且不符合《住宿与生产储存经营合用场所消防安全技术要求》（ XF 703-2007）的规定属于重大火灾隐患综合判定要素条件的第（1）点总平面布置。选项C正确，消防电梯无法正常运行属于重大火灾隐患综合判定要素条件的第（3）安全疏散设施及灭火救援条件。选项D正确，火灾自动报警系统不能正常运行属于重大火灾隐患综合判定要素条件的第（7）点火灾自动报警系统。选项E错误，旅馆、公共娱乐场所、商店、地下人员密集场所未按国家工程建设消防技术标。准的规定设置自动喷水灭火系统或者火灾自动报警系统。属于重大火灾隐患直接判定。