机构监管主要潜在问题是不同监管机构对于不同金融机构相类似的金融业务可能采取不同的监管体制和标准，造成监管重叠或监管缺位现象，并导致监管套利的出现。同时，随着混业经营的日益普遍，机构监管与金融市场和金融机构的发展产生明显差距，造成金融监管与金融市场发展脱节，不利于金融市场的稳定发展。选项A说法正确，选项C说法错误。功能监管可能造成公司作为一个整体，缺少必要的监管。不同牵头部门对混业经营的金融机构可能采取的监管思路、监管侧重各不相同，产生不同的监管成本。选项B说法正确。目标监管会导致一个金融机构需要同时接受几个监管部门的监管，容易造成监管成本的上升和监管效率的下降。选项D说法正确。