土石方工程工程量计算规则：平整场地，按设计图示尺寸以建筑物首层建筑面积"m2"计算，A选项正确；基础土方开挖深度应按基础垫层底表面标高至交付施工场地标高确定，无交付施工场地标高时，应按自然地面标高确定。B选项错误；挖沟槽、基坑、一般土方因工作面和放坡增加的工程量（管沟工作面增加的工程量），是否并入各土方工程量中，按各省、自治区、直辖市或行业建设主管部门的规定实施，C选项正确；虚方指未经碾压、堆积时间≤1年的土壤，D选项正确；桩间挖土不扣除桩的体积，并在项目特征中加以描述，E选项错误。