早期真菌的菌丝体为白色絮状，生长后渐变为其他颜色。软镜上常见的真菌种类有烟曲霉菌，呈灰绿色；黄曲霉菌，呈棕黄色；白色念珠菌，呈白色；串珠镰刀菌，呈淡红色；毛霉菌，呈白色。配戴有活真菌生长的镜片极易引起角膜的继发感染，其中以镰刀菌和念珠菌的角膜溃疡最为多见。