有些早期肠套叠病例可被误认为菌痢。急性坏死性小肠炎多数有腹泻史，腹胀在早期即非常显著，全身情况恶化快。腹型紫癜患儿易与肠套叠混淆。Meckel憩室溃疡出血与肠套叠一样，多见于2岁以下婴儿，Meckel憩室也可引起肠套叠，临床上与原发性肠套叠很难鉴别。