无论有无临床症状，胃重复畸形确诊者均应手术切除。十二指肠重复畸形紧靠胆管及胰腺，完全切除比较困难，一般采用开窗术。小肠重复畸形并发症发生率很高，如不及时治疗，后果严重，因此，一经确诊，均应手术治疗。结肠的囊肿型及短段肠管形重复畸形可行重复畸形切除，不必切除全结肠。重复畸形肠段的粘膜内的迷生胃粘膜及胰腺组织可致消化道溃疡及出血，应去除。