第三鳃瘘较少见，外瘘口位于胸锁乳突肌前缘的下部，与第二鳃裂瘘管的外瘘口位置相似。瘘管穿过颈阔肌的深部和颈内动脉的后面，沿迷走神经的浅面上行，跨过舌下神经止于梨状窝的内瘘口。临床表现为在胸锁乳突肌前缘有瘘口，有时瘘口很细，常细如针尖或小凹陷，常有少许分泌物。