肺结核外科手术治疗主要的适应证是经合理化学治疗后无效、多重耐药的厚壁空洞、大块干酷灶、结核性脓胸、支气管胸膜瘘和大咯血保守治疗无效者。题干中的患者经多种抗结核药治疗后，痰菌仍阳性，且存在厚壁空洞，故下一步治疗应进行外科手术治疗，即行右上肺叶切除，故选A。