独立性原则指基金管理人各机构、部门和岗位职责应当保持相对独立，基金资产、自有资产、其他资产的运作应当分离。基金管理人内部控制的设立是与其管理模式紧密联系的，基金管理人按照其推行的管理模式设立相应的工作岗位，并赋予其责、权、利，规定独立的操作规程和处理程序。责任和权力是岗位责任原则中的关键因素，有什么样的岗位责任，就要赋予此岗位完成任务所必需的权力，切忌出现岗位职责不明确、权力不清楚的现象。岗位职责主要解决的是不相容职务的分离，在设置岗位时必须考虑到授权岗位和执行岗位的分离，执行岗位和审核岗位的分离，保管岗位和记账岗位的分离等。通过不相容职责的划分，保证各部门和人员之间的独立性，防止员工的“合谋”舞弊行为。另一方面，基金管理人可能管理自有资产、基金资产和其他资产，这些资产之间可能存在利益输送。基金管理人必须建立不同资产运作的控制目标，让相关基金经理、投资经理理解其各自的责任。一方面要让员工懂得如何完成自己的工作，即操作规程和处理程序；另一方面要让员工明白严格按照规章制度履行职责的重要性。