猫泛白细胞减少症可见尸体脱水、消瘦；小肠黏膜肿胀、充血、出血，病程稍长的部分病例可出现伪膜；小肠内容物恶臭，呈水样；肠系膜淋巴结充血、出血、水肿。其他剖检病变可见肝肿大、呈红褐色；胆囊充满黏稠胆汁；脾出血；肺水肿、充血、出血。组织学变化可见肠黏膜上皮变性。