长链脂肪酸须在细胞液中消耗ATP的2个高能磷酸键活化为脂酰CoA，接着借助脂酰肉碱转移系统从胞液转移至线粒体内。然后脂酰CoA在线粒体内，经过脱氢（辅基FAD）、加水、再脱氢（辅酶NAD＋）和硫解（CoA）四步反应，生成乙酰CoA（2C）和比原来少了2个碳原子的脂酰CoA（14C的脂酰CoA）。