肿瘤的浸润深度、是否存在淋巴结转移和远处转移是影响生存率的独立预后指标。早期食管癌肿瘤小，浸润浅，又多无淋巴结转移，手术切除容易得到根治，长期预后明显优于晚期病例。食管癌一旦侵犯至黏膜下层，区域淋巴结转移率即可达18%～33%，而侵犯至外膜层后淋巴结转移率可高达78%～89%，因此食管癌能否根治性切除，主要取决于肿瘤的浸润程度，肿瘤的浸润深度更决定预后。不管原发肿瘤的大小如何，若存在淋巴结转移，肿瘤的预后就差。有研究表明肿瘤分化与食管癌预后未见明显相关性。