乙胺嘧啶可抑制疟原虫的二氢叶酸还原酶，影响疟原虫叶酸代谢过程，阻碍疟原虫的核酸合成，导致疟原虫的生长繁殖受到抑制。乙胺嘧啶是二氢叶酸还原酶抑制剂，需与二氢叶酸合成酶抑制剂磺胺类药物（磺胺多辛)区分。目前多以乙胺嘧啶和磺胺类药物联合应用，前者抑制二氢叶酸还原酶，后者抑制二氢叶酸合成酶，对疟原虫的叶酸代谢途径起到双重阻断作用。