奥美拉唑的S-异构体称为艾司奥美拉唑，两者在体内经不同细胞色素酶代谢，奥美拉唑的R-异构体在体内98%经由CYP2C19催化代谢，大部分代谢为羟基化物，被清除至体外。而S-异构体对CYP2C19依赖性下降，经由CYP3A4途径代谢的比例增加至27%。