扁平苔藓镜下所见：在黏膜的白色条纹处，上皮有不全角化层；在黏膜发红区则无上皮角化。棘层增生者较多，也可见棘层萎缩。上皮钉突不规则延长，少数钉突尖端变成锯齿状。基底细胞层液化变性，因此基底细胞排列紊乱，基底膜界限不清，液化明显者可出现上皮下疱。在上皮的棘层、基底层或固有层可见胶样小体或称Civatte小体，为均质嗜酸性，PAS染色阳性呈玫瑰红色，胶样小体可能是细胞凋亡的产物。