继发性嗜酸细胞增多症最常见的病因是组织中的寄生虫特别是蠕虫感染；非感染性的继发性嗜酸细胞增多症的病因包括药物（磺胺、卡马西平、粒系生长因子等)，过敏性疾病（如哮喘、过敏性皮炎），自身免疫性炎症（炎性肠病、结节性动脉炎、变态反应性肉芽肿)，某些恶性肿瘤(淋巴瘤)以及内分泌疾病(Addison病)等。嗜酸细胞胃肠炎是一种较少见的，可累及消化道多层组织的胃肠道嗜酸细胞增多性疾病。