为了解某地、某传染病或寄生虫病不同年龄组、不同地区及总人口感染情况，并与既往调查结果进行对比，可对现行防治措施进行评价，并对今后防治策略和措施提供依据。
地区范围较小或进行寄生虫病感染率调查时可选用普查；一般传染病及地区范围大可采取分层随机抽样调查。样本大小取决于预期感染率和对调查结果精确性的要求，预期感染率高，样本可以小一些，要求精确性高则样本要大一些。简便计算公式N＝400×Q／P。
感染率调查一般需要采血(同其他血液采集要求)。寄生虫病则根据不同虫种进行血液涂片(疟疾)或粪便检查等。同时还需调查所调查疾病的患病史、患病时间、预防接种史、接种时间、针次。