DNA重组体的筛选常用的方法有6种。①生物学方法：表型筛选法，通过插入失活标记表型筛选阳性克隆。抗药性标志的筛选，克隆载体带有抗药性标志基因，转化后能在含该抗生素的平板上形成菌落，以区别转化菌与非转化菌。②β-半乳糖苷酶系统筛选：重组子由于基因插入使α肽基因失活，不能形成α互补，在含Xgal的平板上，含阳性重组子的细菌为无色菌落或噬菌斑。③菌落快速裂解鉴定法：从平板上直接挑选菌落裂解后，直接电泳检测载体质粒大小，判断有无插入片段存在。④内切酶图谱鉴定：经初筛鉴定有重组子的菌落，小量培养后，再分离出重组质粒或重组噬菌体DNA，用相应的内切酶切割，释放出插入片段。⑤通过聚合酶链反应筛选重组子：利用外源DNA插入位点两侧存在特定的序列作为引物，进行PCR分析，迅速扩增插入片段，判断是否阳性重组子，并对插入进行DNA序列分析。⑥菌落或噬菌斑原位杂交：将转化菌落或噬菌斑铺在硝酸纤维素膜或琼脂平板上，经转移后用标记的特异DNA探针进行分子杂交，挑选阳性菌落。