本例中年女性患者急性发病，高热、尿路刺激征（尿频、尿痛、尿急）等是典型的尿路感染的临床表现，尿化验白细胞增多也支持尿路感染，膀胱炎和肾盂肾炎均属于尿路感染，但本例腰痛、右肾区有叩击痛、尿化验有蛋白和白细胞管型，因此支持急性肾盂肾炎的诊断，结合既往曾有肾盂结石，即尿路有器质性梗阻，所以本例最可能的诊断是复杂性急性肾盂肾炎，即正确答案是D。