引起农民肺的病原体主要为嗜热性放线菌属中的干草小多孢菌（Micropolyspora faeni）、普通高温放线菌（Thermoactinomyces vulgaris）和热吸水链霉菌（Streptomyces ther-mohygroscopicus），还有人认为烟曲霉菌（As-pergillus fumigatus）也有致病作用。枯草含水量超过29%～34%时，在堆放过程中微生物生长，尤其霉菌大量增殖呈现霉变。