肠结核主要由人型结核杆菌引起。结核杆菌侵入肠道的主要途径是经口感染。患者多有开放性肺结核或喉结核因经常吞下含有结核杆菌的痰液而引起发病。经常和患肺结核的患者共餐忽略餐具的消毒和隔离也可致病。饮用未经消毒的含牛型结核杆菌牛奶也可致病。结核杆菌血行感染也引起肠结核腹腔内结核病灶直接蔓延也是肠结核发病的原因但四项原因不是主要原因。